Rottnest wurde 1696 von William de Vlamings entdeckt, so steht es in den Broschüren für die Touristen. Als er auf die Insel kam, sah er viele "Quokkas" (Zwergkanguruhs) und hielt diese Tiere für große Ratten. So gab er der Insel den Namen Rottnest (rat´s nest)
Von 1839 bis 1903 wurde Rottnest als Gefängnis für männliche Aborigenals genutzt. Während des 1. Weltkrieges war es ein Haftanstalt für Deutsche und Australier.
Seit 1917 ist die Insel nach und nach zu einem Erholungsgebiet ausgebaut worden.